Обвинението срещу бившата банкова шефка бе за това, че като подуправител на БНБ е разпоредила със свое решение от 11 ноември 1997 г. от сметките на Добруджанска търговска банка и "Капиталбанк" да бъдат извадени средства, преведени с цел увеличаването на техните капитали. Мотивът й бил, че въпросните средства са били отпуснати от частните акционери - банките "Кембъроу ММ5" и "Фърст файненшъл", за погасяване на текущи дългове към други финансови институции. По повдигнатото обвинение Миланова бе заплашена от десетгодишна присъда.

Делото срещу нея е от юли 1998 г. - започнато по времето на Иван Татарчев и продължило при наследника му Никола Филчев. От тогава до днес то многократно бе връщано за доразследване, прекратявано и възобновявано. Миланова бе обвинена за длъжностно престъпление при анулирането на апортни вноски и счетоводни операции, довели до фалит на "Добруджанска банка" и "Капиталбанк". Случаят бе определен за особено тежък. Първоначалното разследване сочеше, че през септември 1996 г. "Добруджанска банка" е поставена под особен надзор. През септември 1997 г. управление "Банков надзор" на БНБ започва преговори с акционерите на банката за попълване на капитала й. В началото на ноември същата година Миланова, като подуправител на БНБ и началник на "Банков надзор", е превишила правата си с издаването на заповед в нарушение на Закона за банките, като наредила сторниране на счетоводни операции на "Добруджанската банка". Тя не е сезирала районния съд в Добрич, че има данни за сключени нищожни сделки по увеличение на банковия капитал.

Прокурорите тогава твърдяха, че действията на Миланова са с цел да причини на акционерите вреди. От обвинението, ръководено към онзи момент от Иван Татарчев обявиха, че е подобна схемата и за "Капиталбанк". Оправдаването на Миланова е било поискано от прокуратурата, според която, не можело от събраните доказателства по делото да се направи заключение, че тя е извършила длъжностното престъпление, заради което е изправена пред Темида.  Прокурор Личева заключила, че “няма нарушение, следователно няма престъпление”, а съдът се съгласил с този довод и произнесе оправдателна присъда. НДТ