Според
манастирската летопис на Константин Огненович третият по-големина манастир в
България - Троянският е основан в началото на 17 в. от няколко атонски монаси -
отшелници, които донасят със себе си чудотворната икона на Богородица
Троеручица. Първоначално били построен малка дървена църква "Рождество
Богородично", монашеско жилище и гостоприемница. По времето на игумена
Калистрий, Троянският манастир бил плячкосан от турска банда, а самият игумен
бил посечен.
През първата половина на 18 в., по времето на игумена Христофор се
осъществили първите по-големи строежи в манастира, като били построени някои
нови сгради и се организирало водоснабдяването на обителта. Още от средата на
18 в. в Троянския манастир функционирало килийно училище, в което получили
образованието си видни духовници, като Йосиф Соколски, Онуфрий Габровски и др.
През 2-рата половина на 18 в. игумен Пахомий организирал изграждането на нова,
съборна църква, разширена в 1812 г. По това време източно от манастира бил
издигнат и скитът "Св. Никола". През 1830г. с грамота на
цариградският патриарх Троянския манастир е обявен за ставропигиален (под пряката
юрисдикция на върховната църковна власт и самостоятелно управление), а игумен
Партений изградил втори скит, посветен на "Св. Йоан Предтеча".
През
1835 г. с помощта на местното население жилищните сгради в Троянския манастир
били разширени и била издигната нова църква "Успение Богородично"
дело на майстор Константин от с. Пещера. Да украси новопостроената църква бил
поканен един от най-известните възрожденски художници - Захарий Зограф. По
същото време били изградени и сегашните жилищни корпуси от изток, север и запад
и малък дървен параклис "Рождество Пресветая Богородици". В 1865 г.
майстор Иван от с. Млечево построил 5-етажната кула – камбанария.
И
през 19 в. монасите от Троянския манастир продължили своята духовно-просветна
дейност. Известни са усилията на книжовниците Спиридон, Рувим, Манасий,
Калиник, Панарет, Йосиф Соколски, даскал Тодор Пирдопски да съживяват и
разпространяват българското слово. Манастирското училище продължило своята
работа и след Освобождението. Троянският манастир е бил и убежище на хайдути и
революционери. Тук през 1872 г. Васил Левски организира таен революционен
монашески комитет, начело с игумена Макарий. При избухването на Априлското
въстание в манастира е бил разкрит команден пункт на воеводите Панайот Волов,
Георги Икономов и Тома Хитров. И до днес е запазена в автентичния си вид
килията, в която са били обсъждани революционните дела. По време на
Руско-Турската освободителна война отец Макарий трансформира комплекса в
лазарет за руските войници.
Български
патриарх Максим е бил послушник в Троянската обител.